Matthias Fankhauser est né près de Berne et a étudié l'art dramatique à l'Université de musique et de théâtre de Berne. Ses premiers engagements le conduisent au Théâtre de Bâle et au Schauspielhaus de Zurich. Depuis 2009, il est professeur par intérim à la Haute école des arts de Zurich. Matthias Fankhauser est devenu plus connu pour son rôle dans le film à succès suisse Die Herbstzeitlosen. De nombreuses apparitions dans des productions télévisées et cinématographiques ont suivi. De 2012 à 2014, il a été membre permanent de l'équipe Lucerne Tatort. Les projets de films actuels incluent les longs métrages Spagat de Christian Koch, Stürm d'Oliver Rhis et The Zurich Liaisonpar Jens Neubert. Juste tourné est son apparition dans la nouvelle série SRF Neumatt.